来自基因组的一些数学

1 (p1): 第一章 DNA测序和基因组时代
1 (p1-1): 1.1 发现DNA和它的遗传载体功能
2 (p1-2): 1.2 DNA的测序技术
3 (p1-3): 1.3 人类基因组计划
5 (p1-4): 1.4 新一代测序技术
7 (p2): 第二章 粗粒化和视像化
7 (p2-1): 2.1 粗粒化与符号描述
8 (p2-2): 2.2 香农信息论第三定理
12 (p2-3): 2.3 视像化
12 (p2-4): 2.4 DNA序列形象表示的早期工作
12 (p2-4-1): 2.4.1 DNA的混沌游戏表示
13 (p2-4-2): 2.4.2 一维和二维DNA行走
14 (p2-4-3): 2.4.3 DNA序列的Z曲线表示
17 (p3): 第三章 细菌基因组中的短串分布
18 (p3-1): 3.1 细菌基因组中短串分布的直方图
19 (p3-2): 3.2 冗余缺失串和真正的缺失串
20 (p3-3): 3.3 基因组序列的随机化
21 (p3-4): 3.4 基因组随机化后的短串分布直方图
23 (p3-5): 3.5 基因组序列的概率模型
25 (p3-6): 3.6 几种离散的概率分布
27 (p3-6-1): 3.6.1 伯努利分布
28 (p3-6-2): 3.6.2 二项式分布
28 (p3-6-3): 3.6.3 泊松分布
29 (p3-6-4): 3.6.4 几何分布
30 (p3-6-5): 3.6.5 Lander-Waterman曲线
33 (p3-7): 3.7 基因组随机化以后短串分布的期望值曲线
37 (p4): 第四章 细菌基因组中的缺失字串
37 (p4-1): 4.1 阿凡提算法
38 (p4-2): 4.2 短核苷酸分布组成的细菌“肖像”
42 (p4-3): 4.3 K框架中的一些线条
48 (p4-4): 4.4 分形和分维
49 (p4-5): 4.5 “肖像”背后的分形和分维
56 (p4-6): 4.6 素数个位数分布的非随机性
57 (p4-7): 4.7 细菌“肖像”与DNA的混沌游戏表示
58 (p4-8): 4.8 细菌基因组中缺失短串可能的生物学意义
61 (p5): 第五章 G-J集团方法
61 (p5-1): 5.1 Goulden-Jackson集团方法
65 (p5-2): 5.2 集团的权重函数：产水菌
67 (p5-3): 5.3 集团的权重函数：大肠杆菌
68 (p5-4): 5.4 集团的权重函数：闪烁古生球菌
69 (p5-5): 5.5 马尔可夫链
72 (p5-6): 5.6 嵌入马尔可夫链
77 (p6): 第六章 可因式化语言的应用
77 (p6-1): 6.1 统计语言学和代数语言学
78 (p6-2): 6.2 形式语言概要
79 (p6-3): 6.3 乔姆斯基系统
80 (p6-4): 6.4 林登梅耶系统
82 (p6-5): 6.5 可因式化语言
83 (p6-6): 6.6 冗余缺失串数目的形式语言解
89 (p7): 第七章 在基因组中寻找基因
89 (p7-1): 7.1 cDNA和训练数据集
91 (p7-2): 7.2 真核生物的基因结构
91 (p7-3): 7.2.1 “点”信号
92 (p7-4): 7.2.2 “片段”信号
93 (p7-5): 7.3 “点”信号的统计描述
94 (p7-6): 7.4 “片段”信号的马尔可夫链模型
96 (p7-7): 7.5 “点”信号和“片段”信号的组合
98 (p7-8): 7.6 隐马尔可夫模型
99 (p7-9): 7.7 动态规划方法
102 (p7-10): 7.8 找基因程序的局限和缺点
105 (p8): 第八章 从细菌基因组到亲缘关系
105 (p8-1): 8.1 细菌的亲缘关系与分类
108 (p8-2): 8.2 达尔文演化理论和“生命之树”
111 (p8-3): 8.3 基于16S rRNA序列的细菌演化和分类研究
112 (p8-4): 8.4 基于细菌基因组的组分矢量方法
113 (p8-4-1): 8.4.1 CVTree方法
114 (p8-4-2): 8.4.2 减除手续
116 (p8-4-3): 8.4.3 关联“距离”和构树
117 (p8-4-4): 8.4.4 减除手续突出物种特异性
118 (p8-5): 8.5 距离和超度规
119 (p8-6): 8.6 亲缘树正确性的检验
121 (p8-7): 8.7 肽段长度K的意义和选择
123 (p8-8): 8.8 CVTree方法的两大应用
123 (p8-8-1): 8.8.1 细菌的大范围分类
124 (p8-8-2): 8.8.2…